Paralelamente, en 1958, en el ámbito de la Facultad de Estudios Generales bajo la dirección de un nuevo decano, el Dr. Hugo Montes, se fundaba el Instituto de Letras que daría sustento al Departamento de Humanidades con la idea de estructurar Licenciaturas en literatura, filosofía e historia. Además, junto con el Instituto de Letras, se adscribían al Departamento referido las cátedras independientes de filosofía, historia de la cultura, inglés, francés, latín y alemán.

En los inicios de la rectoría del Dr. Félix Martínez Bonati (1962) se dio comienzo a una profunda reorganización de la Universidad. En este escenario la Facultad de Filosofía y Educación, luego de los ajustes del caso, pasó a denominarse de Filosofía y Letras, asumiendo como decano el Prof. Guillermo Araya. Al mismo tiempo, a fines de ese año se puso término a la Facultad de Estudios Generales. Intertanto, el área de Educación fue declarada en reoganización dejando sentada la idea de crear una nueva Facultad con ese carácter. Esta se haría realidad en 1969 bajo la rectoría de don William Thayer Ojeda, oportunidad en que fue designado como decano organizador el Prof. Hugo Montes.

Años después, en enero de 1973 y en medio de profundos cambios, bajo la administración del Rector Thayer se creó la Facultad de Filosofía y Ciencias Sociales, siendo su decano fundador el Prof. Jorge Millas. Con esta reestructuración, desaparecía nominalmente la Facultad de Filosofía y Letras, pasando a llamarse a partir de ahí de Letras y Educación.

Tras el golpe militar de 1973, junto con la intervención de la totalidad del los establecimientos de educación superior en el país por las nuevas autoridades, comenzaron a imponerse una serie de cambios al interior de la UACh en particular. En ese contexto, las Escuelas Normales de Valdivia, La Unión y Ancud (Chiloé), pasaron a formar parte de la Facultad de Letras y Educación. A partir de ese momento, esta macrounidad dispondría de las pedagogías Educación Básica, Biología y Química, Castellano y Filosofía, Inglés, Física, Ciencias Naturales y Música. Poco después, en 1975, se creaban Educación Preescolar y Educación Diferencial. Al año siguiente, de manera complementaria se inauguraba el Centro de Diagnóstico y Asistencia Psicopedagógica. Más tarde, en 1981, se implementaba la carrera de Pedagogía en Historia, Geografía y Educación Cívica.

Una demostración más de que la Universidad en general y la Facultad en particular estaba viva y deseosa de asumir nuevos desafíos y mayores responsabilidades, fue el sólido inicio de actividades de postgrado. En efecto, a partir del año 1979 se crearon tres programas de magíster en las áreas de Lingüística y Literatura: Magísteres en Lingüística Aplicada, Lingüística Hispánica y Literatura Hispánica. Un hito relevante en el desarrollo del postgrado fue la creación y puesta en marcha en 1997, del Doctorado en Ciencias Humanas, programa que a partir del año 2006 tendrá su mención en Discurso y Cultura. Hoy en día, bajo la dependencia de la Escuela de Graduados, además del programa referido, la Facultad ofrece los Magísteres en Comunicación, Desarrollo Humano mención en Desarrollo Personal y Familiar, Educación con mención en Políticas y Gestión Educativas, y Literatura Hispánica Contemporánea. Con esta oferta de la Facultad de Filosofía y Humanidades, más aquellas de las restantes macrounidades de la Corporación, la Universidad Austral de Chile es actualmente la principal formadora de graduados en la zona sur – austral del país.

En el contexto histórico institucional de los años 80 y específicamente en marzo de 1981, la Corporación experimentó drásticas modificaciones estructurales. Bajo criterios de racionalización, se fusionaron las facultades de Filosofía y Ciencias Sociales, Letras y Educación, y Bellas Artes, bajo una sola macrounidad con la denominación que hasta hoy se mantiene, es decir, Facultad de Filosofía y Humanidades. Hacia 1982, se implementó el Programa de Regularización de Títulos para Profesores de Educación Básica. Esta instancia fue creando diversos postítulos destinados al perfeccionamiento del magisterio, base sobre la cual se fundaría más tarde (1995) el Centro de Educación Continua (C.E.C.). Por su parte, a nivel de pregrado relevantes fueron las iniciativas que se tradujeron en la creación de las carreras de Antropología (1985) y Periodismo (1989).

Recuperada la Universidad en manos de los académicos, hacia 1995 la Facultad experimentó una importante reestructuración, que se tradujo en la descontinuación de todas las carreras pedagógicas, lo que implicó la desaparición de algunas unidades básicas y el surgimiento de otras. En este último caso se sitúa la creación del Centro de Idiomas fundado en agosto del año referido, asumiendo como directora organizadora la Prof. María Estela García. Respecto del desarrollo pedagógico, sin embargo, paulatinamente y en conformidad a las nuevas políticas educacionales del Estado, comenzó a revertirse la situación creándose la carrera de Profesor de Lenguaje y Comunicación en el año 1997 y, recientemente, la carrera de Pedagogía en Lenguaje y Comunicación Inglesa (2004). A lo anterior debe añadirse que durante el año 2005 se aprobó la carrera de Pedagogía de Educación Física, Deportes y Recreación que tendrá ingreso a partir del año 2006. Así, se confirma la tendencia señalada en el sentido que la Facultad se encuentra en pleno proceso de reposicionamiento de su ámbito de influencia en la línea del desarrollo pedagógico.

En los últimos años, en un ambiente internacional cada vez más mundializante caracterizado por una gran competitividad en el sistema de educación superior, la Facultad ha llevado adelante un proceso de modernización entrando de manera decidida a acreditar sus carreras y programas tanto de pre como de postgrado, todo ello acompañado por una sostenida política de perfeccionamiento de sus académicos a nivel de doctorado. Un fundamental impulso a lo señalado se produjo con la obtención e implementación de dos proyectos de Mejoramiento de la Calidad de la Educación Superior (MECESUP), lo que ha significado, además, una optimización en términos de infraestructura y equipamiento al servicio de sus estudiantes, profesores y funcionarios.

En este marco de innovaciones, la Facultad ha desarrollado a nivel de pregrado un Plan de Bachillerato en Humanidades y Ciencias Sociales que se implementó a partir del año en curso (2005), posibilitando una formación inicial a los nuevos estudiantes de sus distintas carreras en consonancia a los desafíos que exige la sociedad contemporánea.